How to Biowiki Automatic Install

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* 본 매뉴얼은 ubuntu 14.04-02 x86_64 기반의 리눅스 OS를 바탕으로 작성 하였습니다.

 

1. ubuntu 설치 후 root 권한으로 APM 패키지를 설치합니다.

: apt-get -y install apache2 mysql-client mysql-server php5 graphviz aspell php5-pspell php5-curl php5-gd php5-intl php5-mysql php5-xmlrpc php5-ldap

 

2. Mysql root 패스워드를 7890uiop로 설정해 준다.

mysqld_safe --skip_grant &
use mysql;
UPDATE user SET password=password('7890uiop') WHERE user='root';
FLUSH PRIVILEGES;

 

3. Mysql datadir 위치를 /BiO/LocalMysql로 변경해 준다.

mkdir -p /BiO/LocalMysql

cp -rf /var/lib/mysql/* /BiO/LocalMysql

chown -R mysql.mysql /BiO/LocalMysql

vi /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld
파일열어서 기존 mysql datadir 경로 주석처리 해줌
/var/lib/mysql/ r,
/var/lib/mysql/** rwk,
추가로 옮기고 싶은 datadir 경로를 넣어줌
/BiO/LocalMysql/ r,
/BiO/LocalMysql/** rwk,
저장하고 나옴

vi /etc/mysql/my.cnf 파일 열여서 datadir 수정해줌

#datadir                = /var/lib/mysql
datadir         = /BiO/LocalMysql
저장하고 나옴


service apparmor restart
service mysql restart

 

4. 바이오위키 설치 파일을 /BiO 폴더 및에 넣습니다.

: 설치파일 다운로드

: 다운로드 하여 /BiO폴더에 넣은 후에 아래와 같이 권한을 준다.

mkdir -p /BiO/Install

chmod -R 777 /BiO/Install/Biowiki

chown -R mysql.mysql  /BiO/Install/Biowiki/biowiki-4.0/db/biowiki

 

5. Web GUI 설치 파일을 /BiO/Serve/Httpd/Biowiki_Autoinstaller 위치에 넣습니다

: GUI 설치 파일 다운로드

: 다운로드 하여 /BiO/Serve/Httpd/ 폴더에 넣은 후에 아래와 같이 권한을 준다.

mkdir -p /BiO/Serve/Httpd/

chmod -R 777 /BiO/Serve/Httpd/Biowiki_Autoinstaller

chown -R www-data.www-data /BiO/Serve/Httpd/Biowiki_Autoinstaller

/BiO/Serve/Httpd/Biowiki_Autoinstaller/process.php 파일 열여서 아래 내용 자신에 맞게 수정

$ssh = new Net_SSH2('localhost', 22);
if (!$ssh->login('root', '1234')) {
    exit('Login Failed');
}

 

6. 아파치에서 설정파일을 열어 Directory Alias를 아래와 같이 설정합니다.

vi /etc/apache2/sites-available/000-default.conf

Alias /Biowiki_Autoinstaller "/BiO/Serve/Httpd/Biowiki_Autoinstaller"
<Directory "/BiO/Serve/Httpd/Biowiki_Autoinstaller">
         DirectoryIndex index.html index.htm index.php *.php *.jsp index.jsp *.phps
         Options FollowSymLinks
         AddHandler application/x-httpd-php .htm .html .php
         Options +ExecCGI
         AllowOverride All
         Require all granted
</Directory>

 

7. 아파치 설정파일을 저장 한 후 apache 데몬을 재시작 해 준다

: service apache restart
 

8. 웹 페이지를 띄워 바이오위키 자동 인스톨 웹페이지를 연다

: http://자신의 서버 IP/Biowiki_Autoinstaller

 

 

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